Da quando Isabella Cruise ha iniziato a promuovere pubblicamente Scientology, le persone che l'hanno conosciuta da bambina sembrano desiderose di parlare del suo rapporto con la chiesa, o meglio, del rapporto che le sarebbe stato detto di avere. L'ex scientologist Sam Domingo ora sostiene Tom Cruise ha fatto "disconnettere" i suoi figli da Nicole Kidman dopo il suo divorzio nel 2001, quando Kidman fu scomunicato dalla Chiesa di Scientology. Domingo sostiene esplicitamente che Cruise abbia preso la decisione di interrompere i contatti, oltre a sostenere che la chiesa abbia poi manipolato i loro... bambini, Isabella e Connor Cruise, a mantenere "il punto di vista di Scientology" su chi fosse la Kidman e sul ruolo che poteva svolgere nella loro vive.

Domingo è stato membro di Scientology per 22 anni, lasciando l'organizzazione nel 2004. Il suo ex marito, Plácido Domingo, in precedenza aveva rilasciato un'intervista al Daily Mail sostenendo che

Secondo Domingo, la Chiesa di Scientology aveva una visione dura di Kidman e si aspettava che il resto della famiglia Cruise si mettesse in riga. Domingo descrisse la visione della chiesa in questo modo: “Purtroppo, non saranno in grado di salvare [Nicole] in questa vita. Ma fortunatamente, un giorno Nicole morirà e potremo salvarla nella prossima vita: questo è al 100% il punto di vista di Scientology». A causa dell'alto rango di Cruise Secondo Domingo, i bambini adottati Isabella e Connor sono stati regolarmente "lavati del cervello" e sono attualmente "utilizzati come leva per la chiesa". Molto di questo l'allarme deriva dalla recente apparizione di Isabella in un video promozionale per Scientology, in cui ha elogiato appassionatamente gli insegnamenti della chiesa e il proprio Esperienza.
Chiaramente, Domingo non crede che Isabella abbia ricevuto il suo messaggio in modo organico. "Quei ragazzi sono cresciuti senza scelte", ha affermato a RadarOnline. "Non è giusto."