Desde que Isabella Cruise começou a promover publicamente Cientologia, as pessoas que a conheceram quando criança parecem ansiosas para falar sobre seu relacionamento com a igreja - ou melhor, o relacionamento que ela supostamente teria. O ex-cientologista Sam Domingo agora afirma Tom Cruise fez seus filhos se “desconectarem” de Nicole Kidman após seu divórcio em 2001, quando Kidman foi ex-comunicado da Igreja da Cientologia. Domingo alega explicitamente que Cruise tomou a decisão de cortar o contato, bem como alegou que a igreja então manipulou seu filhos, Isabella e Connor Cruise, em manter "o ponto de vista da Cientologia" de quem Kidman era e o papel que ela poderia desempenhar em seus vidas.

Domingo foi membro da Cientologia por 22 anos, deixando a organização em 2004. Seu ex-marido, Plácido Domingo, deu anteriormente uma entrevista ao Daily Mail alegando Isabella e Connor Cruise foram "doutrinados"

De acordo com Domingo, a Igreja da Cientologia tinha uma visão severa de Kidman - e esperava que o resto da família Cruise caísse na linha. Domingo descreveu a visão da igreja assim: “Infelizmente, eles não serão capazes de salvar [Nicole] nesta vida. Mas, felizmente, um dia Nicole morrerá e podemos salvá-la na próxima vida - esse é 100 por cento do ponto de vista da Cientologia. ” Por causa da alta posição de Cruise status, afirma Domingo, os filhos adotivos Isabella e Connor têm sido rotineiramente submetidos a “lavagem cerebral” e atualmente estão “sendo usados como alavanca para a igreja”. Muito disso alarme vem da recente aparição de Isabella em um vídeo promocional para a Cientologia, no qual ela elogiou apaixonadamente os ensinamentos da igreja e os seus próprios experiência.
Claramente, Domingo não acredita que Isabella tenha transmitido sua mensagem organicamente. “Essas crianças cresceram sem escolhas”, afirmou ela ao RadarOnline. "Não está certo."