Lige siden Isabella Cruise begyndte at promovere offentligt Scientologi, mennesker, der kendte hende som barn, synes at være ivrige efter at udtale sig om hendes forhold til kirken - eller rettere, det forhold, hun angiveligt blev fortalt at have. Eks-scientolog Sam Domingo hævder nu tom Cruise fik sine børn til at "afbryde forbindelsen" fra Nicole Kidman efter sin skilsmisse i 2001, da Kidman blev ekskommunikeret fra Scientology Kirken. Domingo hævder eksplicit, at Cruise tog beslutningen om at afbryde kontakten, samt hævdede, at kirken derefter manipulerede deres børn, Isabella og Connor Cruise, til at holde "Scientologys synspunkt" om, hvem Kidman var og den rolle, hun kunne spille i deres liv.
Domingo var medlem af Scientology i 22 år og forlod organisationen i 2004. Hendes eksmand, Plácido Domingo, gav tidligere et interview til Daily Mail og påstod Isabella og Connor Cruise var blevet “indoktrineret”
Ifølge Domingo havde Scientology Kirken et hårdt syn på Kidman - og forventede, at resten af Cruise -familien ville falde i kø. Domingo beskrev kirkens opfattelse således: “Desværre vil de ikke kunne redde [Nicole] i dette liv. Men heldigvis vil Nicole en dag dø, og vi kan redde hende i det næste liv - det er 100 procent Scientologys synspunkt. ” På grund af Cruises højtstående status, hævder Domingo, adoptivbørn Isabella og Connor er rutinemæssigt blevet "hjernevasket" og "bruges i øjeblikket som løftestang for kirken." Meget af dette alarm stammer fra Isabellas seneste optræden i en reklamevideo for Scientology, hvor hun lidenskabeligt roste kirkens lære og sin egen erfaring.
Det er klart, at Domingo ikke tror på, at Isabella kom organisk med sit budskab. "De børn er vokset op uden valg," hævdede hun overfor RadarOnline. "Det er ikke rigtigt."
