Откакто Изабела Круз започна публично да рекламира Сциентология, хората, които я познаваха като дете, изглеждат нетърпеливи да говорят за връзката й с църквата - или по -скоро за връзката, за която се твърди, че има. Бившият сциентолог Сам Доминго сега твърди Том Круз накара децата си да се „прекъснат“ Никол Кидман след развода му през 2001 г., когато Кидман е екскоммунизиран от Сциентологичната църква. Доминго изрично твърди, че Круз е взел решението да прекъсне контакта, както и твърди, че след това църквата е манипулирала деца, Изабела и Конър Круз, за да поддържат „гледната точка на сциентологията“ за това кой е Кидман и ролята, която тя може да играе в тях животи.

Доминго е бил член на сциентологията в продължение на 22 години, напускайки организацията през 2004 г. Бившият й съпруг, Пласидо Доминго, по-рано даде интервю за Daily Mail, твърдейки Изабела и Конър Круз бяха „индоктринирани“

Според Доминго Църквата на сциентологията е имала суров възглед за Кидман - и е очаквала останалата част от семейството на Круз да се подреди. Доминго описва възгледа на църквата така: „За съжаление, те няма да могат да спасят [Никол] през този живот. Но за щастие един ден Никол ще умре и можем да я спасим през следващия живот - това е 100 процента от гледна точка на сциентологията. Заради високопоставения Круз статутът, твърди Доминго, осиновените деца Изабела и Конър са били рутинно „промити мозъци“ и в момента „се използват като лост за църквата“. Голяма част от това алармата произтича от скорошното появяване на Изабела в промоционален видеоклип за сциентология, в който тя страстно възхвалява ученията на църквата и нейното собствено опит.
Ясно е, че Доминго не вярва, че Изабела е получила посланието си органично. „Тези деца са израснали без избор“, твърди тя пред RadarOnline. "Не е правилно."