Helt siden Isabella Cruise begynte å promotere offentlig Scientologi, mennesker som kjente henne som barn virker ivrige etter å si ifra om hennes forhold til kirken - eller rettere sagt, forholdet hun angivelig ble fortalt å ha. Eks-scientolog Sam Domingo hevder nå Tom cruise fikk barna til å "koble fra" Nicole Kidman etter skilsmissen i 2001, da Kidman ble eks-kommunisert fra Scientology kirken. Domingo hevder eksplisitt at Cruise tok beslutningen om å kutte kontakten, samt hevdet at kirken deretter manipulerte barn, Isabella og Connor Cruise, til å holde "Scientology -synspunktet" om hvem Kidman var og rollen hun kunne spille i deres bor.
Domingo var medlem av Scientology i 22 år, og forlot organisasjonen i 2004. Hennes eksmann, Plácido Domingo, ga tidligere et intervju til Daily Mail og hevdet Isabella og Connor Cruise hadde blitt "indoktrinert" av Scientology kirken til å kutte Kidman ut av livet. Historiene om disse to eks-ektefellene deler mange likheter, men Sam Domingo gikk et skritt videre i en ny
intervju med RadarOnline.com. "Tom tok beslutningen om å koble fra Nicole og få barna til å koble fra," hevdet hun. “Jeg satte barna mine på scientologiskolen i Los Angeles fordi jeg ville at de skulle få en bedre utdanning. Tom Cruises barn, derimot, fikk ikke noe valg om skolen eller om å koble fra moren. Det er feil. "I følge Domingo hadde Scientology kirken et sterkt syn på Kidman - og forventet at resten av Cruise -familien skulle falle i kø. Domingo beskrev kirkens syn slik: «Dessverre vil de ikke kunne redde [Nicole] i denne levetiden. Men heldigvis vil Nicole en dag dø, og vi kan redde henne i neste livstid - det er 100 prosent Scientologys synspunkt. ” På grunn av Cruises høye rangering status, hevder Domingo, adopterte barn Isabella og Connor har blitt rutinemessig "hjernevasket" og "brukes nå som en løftestang for kirken." Mye av dette alarmen stammer fra Isabellas siste opptreden i en reklamevideo for Scientology, der hun lidenskapelig berømmet kirkens lære og sin egen erfaring.
Det er tydelig at Domingo ikke tror at Isabella kom organisk med budskapet hennes. "Disse barna har vokst opp uten valg," hevdet hun til RadarOnline. "Det er ikke riktig."