De Zoosters zijn terug, maar deze keer zijn ze op de vlucht door de Europese Alpen, verstoppen ze zich voor de Franse dierenbescherming en leren ze een circusgroep nieuwe trucs. Deze snelle en furieuze ravotten voegt leuke nieuwe personages toe terwijl hij op je inzoomt in glorieus 3D.
Die brutale pinguïns, chimpansees en lemuren! Onder leiding van koning Julien XIII (Sacha Baron Cohen) slagen ze er op de een of andere manier in om uit Afrika te komen en helemaal naar Monte Carlo te komen. Rekenen op telramen, winnen ze veel bij roulette en breken ze de bank.
Alex de leeuw (ben Stiller), Marty de zebra (Chris Rock), Gloria het nijlpaard (Jada Pinkett Smith), en Melman de giraf (David Schwimmer) zijn vastbesloten om terug te keren naar de Central Park Zoo in New York City, maar stoppen in Monte Carlo voor hulp.
Eenmaal daar breekt er chaos uit die de aandacht trekt van een Franse dierenpolitieagent genaamd Capitaine Chantel DuBois (Frances McDormand), die letterlijk de geur van de dieren volgt door aan de grond. Hoewel ze haar sjieke stad legitiem wil beschermen tegen wilde beesten, heeft ze een meer sinister motief: om het hoofd van Alex aan haar muur met jachttrofeeën te hangen.
Na een wilde achtervolging met auto's en scooters door Monte Carlo, stappen de Madagascariërs op een trein om te ontdekken dat deze ook vol dieren is - het soort circus.
Hier ontmoeten we een aantal echt leuke personages zoals Vitaly (Bryan Cranston), de hoepelspringende Russische tijger met prestatieangst, en Gia (Jessica Chastain) de exotische Italiaanse Jaguar die haar circusfamilie enorm beschermt. "Circus", zegt ze, "blijf bij elkaar."
De Zoosters overtuigen hen ervan dat ze ook "Circus" zijn en dat Alex beroemd is om iets dat de "Trapeze Americano" wordt genoemd, wat meer klinkt als een latte van Starbucks dan een circusact.
Madagaskar 3 is op zijn best wanneer de Zoosters op de vlucht slaan voor de werkelijk verachtelijke schurk Capitaine Chantal en wanneer koning Julien verliefd wordt op de voluptueuze kwijlende, dansende beer. De film heeft veel slimme grappen die zowel kinderen als ouders aanspreken, mijn favoriet is Vitaly's boze verklaring van "Dat is Bulshevik!"