מאז איזבלה קרוז החלה לקדם בפומבי סיינטולוגיה, אנשים שהכירו אותה כילדה נראים להוטים לדבר על מערכת היחסים שלה עם הכנסייה - או ליתר דיוק, מערכת היחסים שאמרו לה לכאורה. הסנטולוג לשעבר סם דומינגו טוען כעת תום קרוז גרם לילדיו "להתנתק" ממנה ניקול קידמן לאחר גירושיו בשנת 2001, כאשר קידמן התקשר לשעבר מהכנסייה של סיינטולוגיה. דומינגו טוען במפורש כי קרוז קיבלה את ההחלטה לנתק קשר, כמו גם טען כי הכנסייה עשתה לאחר מכן מניפולציות ילדים, איזבלה וקונור קרוז, להחזיק ב"נקודת המבט של הסיינטולוגיה "של מי קידמן והתפקיד שהיא יכולה לשחק בתפקיד שלהם חיים.
דומינגו היה חבר בסיינטולוגיה במשך 22 שנים, ועזב את הארגון בשנת 2004. בעלה לשעבר, פלאצידו דומינגו, העניק בעבר ראיון לדיילי מייל בטענה איזבלה וקונור קרוז "הועברו לאינדוקרינציה" על ידי כנסיית הסיינטולוגיה לחתוך את קידמן מחייהם. הסיפורים של שני בני הזוג לשעבר חולקים קווי דמיון רבים, אך סם דומינגו הלך צעד אחד קדימה בחדש ראיון עם RadarOnline.com. "טום קיבל את ההחלטה להתנתק מניקול ולנתק את ילדיו", טענה. "הכנסתי את הילדים שלי לבית הספר לסיינטולוגיה בלוס אנג'לס כי רציתי שהם יקבלו השכלה טובה יותר. ילדיו של טום קרוז, לעומת זאת, לא ניתנו לבחירה בנוגע לבית הספר או להתנתק מאמם. זה לא נכון."
לדברי דומינגו, כנסיית הסיינטולוגיה החזיקה בדעה קשה על קידמן - וציפתה שמשפחת משפחת קרוז תיפול בתור. דומינגו תיאר את השקפת הכנסייה כך: "למרבה הצער, הם לא יוכלו להציל את [ניקול] בחיים האלה. אבל לשמחתנו, יום אחד ניקול תמות ונוכל להציל אותה בחיים הבאים - זוהי 100 אחוזים מנקודת המבט של הסיינטולוגיה. " בגלל הדירוג הגבוה של קרוז סטטוס, טוען דומינגו, הילדים המאומצים איזבלה וקונור "נשטפו" באופן שגרתי וכיום "משמשים כמנוף לכנסייה". הרבה מזה האזעקה נובעת מהופעתה האחרונה של איזבלה בסרטון תדמית לסיינטולוגיה, שבו שיבחה בלהט את תורת הכנסייה ואת משלה. ניסיון.
ברור שדומינגו לא מאמין שאיזבלה הגיעה במסר שלה באופן אורגני. "הילדים האלה גדלו בלי ברירה", היא טענה ל- RadarOnline. "זה לא נכון."
