Otkad se Isabella Cruise počela javno promovirati Scijentologija, čini se da ljudi koji su je poznavali kao dijete žele govoriti o svom odnosu prema crkvi - ili bolje rečeno, o odnosu koji je navodno rečeno da ima. Bivši scijentolog Sam Domingo sada tvrdi Tom Cruise natjerao svoju djecu da se "isključe" iz Nicole Kidman nakon razvoda 2001., kada je Kidman ekskomuniciran iz Scijentološke crkve. Domingo izričito tvrdi da je Cruise donio odluku o prekidu kontakata, kao i da je crkva tada manipulirala njihovim djece, Isabella i Connor Cruise, u držanju "stajališta scijentologije" o tome tko je bila Kidman i ulozi koju bi mogla imati u njihovom živote.
Domingo je bio 22 godine član scijentologije, a organizaciju je napustio 2004. Njezin bivši suprug, Plácido Domingo, prethodno je dao intervju za Daily Mail tvrdeći Isabella i Connor Cruise bili su "indoktrinirani" od strane Scijentološke crkve kako bi im Kidman izrezali iz života. Priče ova dva bivša supružnika dijele mnoge sličnosti, ali Sam Domingo otišao je korak dalje u novom
intervju za RadarOnline.com. "Tom je donio odluku da se prekine veza s Nicole i da mu se djeca isključe", tvrdila je. “Svoju sam djecu stavio u scijentološku školu u Los Angelesu jer sam htio da steknu bolje obrazovanje. Djeca Toma Cruisea, s druge strane, nisu imala izbor o školi ili o prekidu veze s majkom. To je pogrešno."Prema Domingu, Scijentološka crkva imala je oštar stav prema Kidmanu - i očekivala je da će ostatak obitelji Cruise pasti u red. Domingo je ovako opisao crkveni pogled: „Nažalost, neće moći spasiti [Nicole] u ovom životu. No srećom, jednog dana Nicole će umrijeti i možemo je spasiti u sljedećem životu - to je 100 posto gledište scijentologije. " Zbog Cruiseovog visokog ranga status, tvrdi Domingo, usvojena djeca Isabella i Connor rutinski su "isprana mozgom" i trenutno se "koriste kao poluga za crkvu". Veći dio ovoga alarm proizlazi iz Isabelllinog nedavnog pojavljivanja u promotivnom videu za scijentologiju, u kojem je strastveno hvalila crkveno i vlastito učenje iskustvo.
Jasno je da Domingo ne vjeruje da je Isabella organski došla do svoje poruke. "Ta su djeca odrasla bez izbora", rekla je za RadarOnline. "Nije ispravno."