उनकी हत्या से एक महीने पहले लिखे गए एक पत्र में, तत्कालीन राष्ट्रपति जॉन एफ. कैनेडी के पास अपनी एक कथित प्रेमिका के लिए एक हार्दिक संदेश था जिसका बाद में रहस्यमय अंत हो गया। मैरी पिंचोट मेयर की पहली मुलाकात जेएफके से तब हुई जब दोनों प्री स्कूल के छात्र थे लेकिन कथित तौर पर 1960 के दशक में उनका अफेयर शुरू हुआ। पिंचोट मेयर और उनके पति, कॉर्ड मेयर नामक एक सीआईए एजेंट, जेएफके के मित्र थे जैकी कैनेडी और यहां तक कि वाशिंगटन डी.सी. में जोड़े के पास रहते थे। राष्ट्रपति की मृत्यु के एक साल बाद, पिंचोट मेयर की जॉर्जटाउन में टहलते समय हत्या कर दी गई थी।
2016 की नीलामी में 1963 का एक पत्र फिर से सामने आया जो कथित तौर पर जेएफके द्वारा लिखा गया था लेकिन पिंचोट मेयर को कभी नहीं भेजा गया था। कैनेडी ने कथित तौर पर लिखा, "आप एक बार के लिए उपनगर क्यों नहीं छोड़ देते - आओ और मुझसे मिलो - या तो यहां - या अगले सप्ताह केप में या 19वें बोस्टन में।" प्रति लोग, चार पेज के पत्र में. "मुझे पता है कि यह मूर्खतापूर्ण, तर्कहीन है, और आप इससे नफरत कर सकते हैं - दूसरी ओर आप नहीं भी कर सकते हैं - और मैं इसे पसंद करूंगा।" उन्होंने आगे कहा: “आप कहते हैं कि यह मेरे लिए अच्छा है कि मैं जो चाहता हूँ वह न मिले। इतने वर्षों के बाद - तुम्हें मुझे उससे भी अधिक प्रेमपूर्ण उत्तर देना चाहिए। आप सिर्फ हाँ क्यों नहीं कहते,'' सरल 'जे' के साथ पत्र पर हस्ताक्षर करते हुए। उसी वर्ष 22 नवंबर को टेक्सास के डलास की आधिकारिक यात्रा के दौरान राष्ट्रपति की गोली मारकर हत्या कर दी गई थी।
12 अक्टूबर, 1964 को पिंचोट मेयर को दोपहर की सैर के दौरान सिर में गोली मार दी गई थी, लोग रिपोर्टों. उसकी हत्या अनसुलझी है। पिंचोट मेयर के बारे में 1999 में जीवनी लिखने वाली नीना बर्लेघ कहती हैं, “राहगीरों ने चीखें सुनीं और एक गवाह ने दीवार पर नज़र डाली और एक आदमी को उसके शरीर के पास खड़ा देखा। पुलिस आई और जल्द ही एक काले पुरुष [रे क्रम्प जूनियर] को भीगते हुए गिरफ्तार कर लिया, जिसने कहा कि वह मछली पकड़ने के दौरान पोटोमैक में गिर गया था।... कभी कोई बंदूक नहीं मिली।" क्रम्प ने खुद को दोषी नहीं बताया और सबूतों की कमी के कारण मुकदमे से बरी कर दिया गया। बर्ले कहते हैं, "सिद्धांत यह है कि उसे मरना पड़ा क्योंकि वह बहुत कुछ जानती थी।"
''वॉरेन कमीशन की रिपोर्ट जारी होने के ठीक दस दिन बाद उनकी हत्या बहुत से लोगों को परेशान करती है संदेह है कि उसे चुप कराना पड़ा,'' बर्ले ने जेएफके की जांच के संदर्भ में कहा हत्या. वह आगे कहती है: "वह रहस्यों की दुनिया में रहती थी... जटिल अंतरराष्ट्रीय साजिश रचने वाले जासूसों के रहस्य, जो परमाणु युग की शुरुआत में एक खतरनाक दुनिया को नियंत्रित करने की कोशिश कर रहे थे।"
उनकी मौत की संदिग्ध प्रकृति को पिंचोट मेयर के बहनोई बेन ब्रैडली के दावे से जोड़ा जा रहा है, जो दावा करते हैं कि उन्होंने प्रमुख को पकड़ लिया था। सीआईए के प्रति-खुफिया जेम्स जीसस एंगलटन ने पिंचोट मेयर की हत्या की रात उसे वापस लाने के लिए उसके कलाकार स्टूडियो में घुसकर तोड़फोड़ की। डायरी। डायरी में कथित तौर पर राष्ट्रपति के नाम का स्पष्ट रूप से उपयोग किए बिना उनके साथ उनके संबंधों का उल्लेख था। ब्रैडली की पत्नी, पिंचोट मेयर की बहन ने कथित तौर पर इसके तुरंत बाद डायरी को नष्ट कर दिया।
बर्ले ने नोट किया कि जेएफके और पिंचोट मेयर का मामला संभवतः 1961 और 1962 के बीच शुरू हुआ था। वह कहती हैं, ''उनका नाम पहली बार अक्टूबर 1962 में व्हाइट हाउस लॉग में दिखाई दिया।'' "वह उसके साथ थी... जब जैकी दूर होता था तो अक्सर उसे साइन इन किया जाता था..." यह स्पष्ट नहीं है कि जैकी को कथित मुलाकात के बारे में पता था या नहीं। बर्लेघ कहते हैं, "शायद, कोई नहीं जानता।" “वह कभी-कभी उन्हें एक साथ बैठाती थी। या तो इसका मतलब है कि उसने उस पर भरोसा किया या उसने सोचा कि मैरी कैनेडी का अच्छे तरीके से मनोरंजन कर रही थी।
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