Dane Cook stemmer Dusty Crophopper, et lille fly med en stor drøm om at konkurrere i et internationalt løb mod professionelle luftfartøjer. Der er et lille, lille problem - Dusty er bange for højder. Men han flyver i hvert fald ikke solo; stemmerne fra Julia Louis-Dreyfus, John Cleese og Teri Hatcher har tanket op og er klar til start.
Støvet (Dane Cook) er et lille fly med en Dreamliner-størrelse drøm: at køre andre flyvende maskiner højt oppe på himlen. Vent, rids det. Dusty foretrækker at køre lavt til jorden på grund af hans akrofobi. Som afgrødestøv er han vant til at flyve lige over majsrækkerne og ikke svæve over bjergtoppe. Men at flyve i de store ligaer kræver stort mod, og han bliver nødt til at erobre sin lidelse i store højder, hvis han vil skyrocket til førstepladsen.
Dustys gaffeltruck-ven og mekaniker, Dottie (Teri Hatcher), bekymringer Dusty kommer til at gå ned og brænde. I stedet for at være vinden under hans vinger, siger hun til det ene propplan: "Du er bygget til frø, ikke fart" får Dusty til at indse, at der kun er en luftfart, der kan hjælpe: tidligere flyveflyvning med as fra anden verdenskrig, Skipper Riley (Stacy Keach).
En gnaven gammel Navy corsair, Skipper er tilbageholdende med at hjælpe Dusty, men denne veteranmølle bliver snart vundet af Dustys can-fly-holdning. Med lidt mekanisk vejledning er Dusty endelig klar til at ramme luftfeltet.
El Chupacabra (Carlos Alazraqui), en mexicansk legende, hvis lidenskab for væddeløb kun er lig med hans passion for damerne, konkurrerer også i dette løb omkring atmosfæren. El Chus motor roterer højt for den fransk-canadiske flyver, Rochelle (Julia Louis-Dreyfus).
I nok den sødeste og sjoveste scene i filmen hjælper Dusty El Chu med at serenade Rochelle med en Latin-glat-som-satin version af sangen "Love Machine" af Miracles, kun med maracas og trompeter.
Dusty har sin egen kærlighedsinteresse, hun er en pan-asiatisk flyer fra Indien ved navn Ishani (Priyanka Chopra). Selvom hun måske er en fryd for øjnene, er hun ligefrem nådesløs i himlen og lurer Dusty i håb om at slå ham ud af løbet.
Hvad er charmerende ved Fly er, at karaktererne er smart opfattet og i modsætning til sidste måneds tankskib Turbo, Fly er ret sjov - selv for voksne. Ingen let bedrift. Det er også en glæde at flyve rundt i verden og få Disneys opfattelse af eksotiske lande som Island, München og Himalaya - steder, der ikke typisk udforskes af musen.